《BLUE REFLECTION 幻舞少女之剑》以人性的本质与羁绊为主题，描绘少女们的青春故事。故事讲述了日菜子等人就读的星之宫女子高中还有其他女同学，她们每天上课、社团活动、磨练自我或是玩耍，与各种性格的女孩子相遇，听听她们的烦恼、一起悠闲渡过休息时间，会让日菜子的心灵渐渐起变化。
《BLUE REFLECTION幻影中舞动的少女之剑》同P5一样，故事也是以校园生活的题材展开。主人公日菜子是一名备受关注的年轻芭蕾舞者，曾经她以为芭蕾是她的一切，她就是为芭蕾而生的。但一年前脚部的意外受创导致她不能继续舞蹈，这对她来说无疑是一个巨大的打击——从被人瞩目到人尽唏嘘，巨大的落差下，这一年日菜子将自己封闭在了家里。
今天，是日菜子决定前往学校的一天，因为再这样下去自己的结业也会受到影响。从职员室出来后，因为一系列机缘巧合，她进入了同学的内心世界。在这个世界里，她不仅得到了用魔法战斗的“反射者”变身能力，也结识了同为“反射者”的两名少女。少女们告诉她“保护世界免受原种的入侵，就可以实现你的一个愿望”。为了继续自己的芭蕾生涯，日菜子以“反射者”的身份开始了自己新的校园生活。
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